Warning in file "/usr/share/applications/pcmanfm.desktop": usage of MIME type "x-directory/normal" is discouraged ("x-directory" is an old media type that should be replaced with a modern equivalent)
То чтоб это сделать нормально и убрать предупреждение нужно из файла на который говорит сообщение в этом примере это файл
/usr/share/applications/pcmanfm.desktop
убрать параметр на который говорит, например "x-directory/normal" и затем (иначе ничего не получится) убрать соответствующий "x-directory/normal=pcmanfm.desktop" параметр из файла
/usr/share/applications/mimeinfo.cache
и заново переконфигурировать пакет при работе с которым это сообщение возникло.
sudo dpkg-reconfigure пакет
Название на английском
x-directory is an old media type (solution)